인공지능(AI) 국가전략기술 신설 등 세법 시행령 개정 추진
- 기재부, 2025년 세제개편안과 지방중심 건설투자 보강방안 이행을 위한 규정 마련
- 나홍선 기자 | hsna@joseplus.com | 입력 2025-09-11 12:47:22
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| ▲기획재정부는 ‘2025년 세제개편안’ 및 ‘지방중심 건설투자 보강방안’ 이행을 위해 AI 등 미래전략산업 지원을 강화하고, 인구감소지역 주택 종합부동산세 세부담 완화 등을 위한 세법 시행령 개정을 추진한다. |
기획재정부는 ‘2025년 세제개편안’ 및 ‘지방중심 건설투자 보강방안(‘25.8.14.)’ 이행을 위해 AI 등 미래전략산업 지원 강화, 인구감소지역 주택 종합부동산세 세부담 완화 등을 위한 세법 시행령 개정을 추진한다고 11일 밝혔다.
기재부가 발표한 시행령 개정안에 따르면, R&D비용 세액공제 대상 국가전략기술 세부기술에 인공지능 분야 5개와 미래형운송이동 분야 2개 기술이 각각 추가되고, 인공지능 분야 국가전략기술 사업화시설 세액공제 사후관리 방안도 마련됐다.
또 인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세와 종합부동산세 특례 대상을 비수도권의 경우 9억원 이하로 확대(2025년 8월 14일 이후 취득분부터 적용)하며, 지방 건설경기 활성화 차원에서 비수도권에서 준공 후 미분양 주택에 대한 양도세 및 종합부동산세 중과 배제 및 주택수 제외를 2026년말까지 1년 연장하고 CR리츠가 올해 매입하는 비수도권 미분양주택에 대한 법인세추가과세도 배제하도록 했다.
아울러 수용 토지 등에 대한 과세 합리화 차원에서 토지수용시 용도 지역 판정기준일에 협의매수‧수용시 사업인정 고시일 직전일로 예외를 인정하고, 영세 자영업자의 경우 면세농산물 등의 의제매입세액 공제특례를 2027년까지 2년 연장한다.
이번 시행령 개정안은 12일부터 10월 22일까지 40일간의 입법예고와 차관회의·국무회의 등의 절차를 거쳐 2025년 11월 중 공포·시행될 예정이다.
다음은 기재부가 발표한 세법 시행령 개정안의 주요 내용.
참고 | | 시행령 개정안 주요내용 |
【조세특례제한법 시행령】 |
1. 국가전략기술 세부기술 신설 및 확대(조특령 별표7의2)
현 행 | 개 정 안 | ||||||||||||||||
□ R&D비용 세액공제 대상 * 일반 R&D 대비 높은 세액공제율(중소 40~50%, 중견·대 30~40%) 적용 | □ 세부기술 대상 확대 | ||||||||||||||||
ㅇ 7개 분야* 71개 기술 * ①반도체 23개, ②이차전지 10개, | ㅇ 8개 분야* 78개 기술 * 인공지능 분야 추가 | ||||||||||||||||
<추 가> | - 7개 신설, 2개 확대 ▪(신설) 7개
▪(확대) 2개
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<개정이유> 첨단 전략산업 R&D 활성화
<적용시기> ’25.7.1. 이후 발생하는 비용 또는 투자 분부터 적용, 다만, 인공지능 분야와 미래형 운송ㆍ이동수단 분야 중 인공지능형 자율운항과 관련된 세부기술의 경우에는 ’25.1.1. 이후 발생하는 비용 분부터 적용
2. 신성장·원천기술 세부기술 신설(조특령 별표7)
현 행 | 개 정 안 | ||||
□ R&D비용 세액공제 대상 * 일반 R&D 대비 높은 세액공제율(중소 30~40%, 중견·대 20~30%) 적용 | □ 세부기술 대상 확대 | ||||
ㅇ 14개 분야* 273개 기술 * ①미래차, ②지능정보, ③차세대S/W | ㅇ 14개 분야 273개 기술 | ||||
<추 가> | - 1개 신설
※ 1개 기술은 국가전략기술 상향 | ||||
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<개정이유> 첨단 전략산업 R&D 활성화
<적용시기> ’25.7.1. 이후 발생하는 비용 분부터 적용
3. 인공지능 분야 국가전략기술 사업화시설 세액공제 사후관리 방안 마련(조특령 §21⑤ㆍ⑩ㆍ⑪ㆍ⑭ㆍ)
현 행 | 개 정 안 | ||||||
□ 일반제품을 병행생산하는 경우도 | □ 서비스 제공(인공지능 분야) 국가전략기술 사업화시설 사후관리 방안 마련 | ||||||
ㅇ (관리대상) 일반제품을 병행생산하는 국가전략기술사업화시설 | ㅇ 서비스 제공 시설로서 국가전략기술 외 다른 서비스를 제공하는 사업화시설 포함 | ||||||
ㅇ (관리기간) 투자완료일부터 투자완료일이 속한 과세연도의 다음 3개 과세연도 종료일까지 |
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ㅇ (관리기준) 사후관리 기간 동안의 누적 사용비율이 다음 기준을 충족하지 못하는 경우 전용(轉用)한 것으로 간주 | |||||||
- 해당 시설 총 생산량 중 | |||||||
<추 가> | - 서비스 제공 국가전략기술 사업화 시설*: 해당 시설 총 사용시간 중 국가전략기술 관련 서비스 제공 시간이 50% 초과 * 기획재정부령으로 규정 | ||||||
ㅇ (전용시 납부세액) * (예) 국가전략기술 사업화시설 | ㅇ (좌 동) | ||||||
ㅇ (자료제출) 생산량* 관련 자료 작성·보관 및 제출(사후관리 마지막 과세연도 법인세 신고시) 의무 * 측정대상, 측정기간, 작성방법 등은 기획재정부령으로 규정 | ㅇ 서비스 제공 국가전략기술 사업화시설의 경우 연구개발업무시설 규정* 준용 * 사용시간 관련 자료 작성·보관 및 제출 의무 |
<개정이유> 첨단 전략산업 시설투자 활성화
<적용시기> ’25.1.1. 이후 투자 분부터 적용
4. 인구감소지역 주택 취득 특례 가액요건 상향(조특령 §68의2①)
현 행 | 개 정 안 |
□ 인구감소지역 주택 취득자에 대한 * 1주택자가 인구감소지역 주택 취득시 | □ 지원대상 확대 |
ㅇ (주택소재지) 인구감소지역 - 단, 수도권 및 광역시 구지역은 제외하되, 수도권 내 접경지역은 포함 | ㅇ (좌 동) |
ㅇ (주택가액) 공시가격 4억원 이하 | ㅇ 비수도권 가액기준 상향 - 수도권 공시가격 4억원, |
ㅇ (적용기간) ‘24.1.4.~26.12.31. 취득분 | ㅇ (좌 동) |
<개정이유> 지방 건설경기 활성화
<적용시기> ’25.8.14. 이후 취득하는 분부터 적용
5. 동업기업 소득의 계산 및 배분명세 신고서류 명확화(조특령 §100의24, 조특칙§46의2)
현 행 | 개 정 안 | ||||||
□ 동업기업 소득 계산 및 | □ 신고서류 명확화 | ||||||
ㅇ 기업회계기준을 준용하여 작성한 재무상태표와 손익계산서 | ㅇ 기획재정부령*으로 정하는 재무상태표와 손익계산서 * 「법인세법 시행규칙」의 | ||||||
ㅇ 기획재정부령으로 정하는 |
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ㅇ그 밖에 기획재정부령으로 정하는 서류 등 |
<개정이유> 동업기업 제출서류 명확화를 통한 납세자 편의 제고
【소득세법 시행령】 |
1. 연말정산 간소화 관련 자료집중기관 추가(소득령 별표4)
현 행 | 개 정 안 |
□ 의료비세액공제 연말정산 ㅇ 국민건강보험공단 | □ 자료집중기관 추가 |
<추 가> | ㅇ 보건복지부 |
<개정이유> 납세편의 제고
<적용시기> 영 시행일이 속하는 과세기간 분부터 적용
2. 퇴직소득 세액정산 방법 보완(대통령령 제35349호 소득령 §203)
현 행 | 개 정 안 | ||||||
□ 퇴직소득 세액정산 방법 개정 ㅇ (내용) 계산방법 보완 - (~25.12.31) ➊전체 산출세액* * 퇴직소득누계액에 대한 퇴직소득세액 ** 기납부 또는 이연된 세액 - (26.1.1.~) ➊퇴직소득누계액에 대한 퇴직소득세액 – ➋(정산전 이연퇴직소득세액* + 정산전까지 원천징수세액) * 퇴직소득누계액에 대한 세액을 이연퇴직소득 비율로 안분 계산 | □ 적용대상 축소
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ㅇ (대상) 기 지급된 퇴직소득 중 이연퇴직소득이 있는 자 | ㅇ 이연퇴직소득이 있는 자 중 |
<개정이유> 납세편의 제고
<적용시기> ’26.1.1. 이후 퇴직하여 지급받는 소득 분부터 적용
3. 비수도권 준공 후 미분양 주택 중과 배제 기간 연장(소득령 §167의3)
현 행 | 개 정 안 |
□ 준공 후 미분양 주택에 대한 양도소득세 | □ 적용기한 연장 |
ㅇ (대상주택) 아래 요건을 모두 충족 - 수도권 밖의 지역 소재 - 전용면적 85㎡, 취득가액 6억원 이하 | |
- ‘24.1.10. ~ ’25.12.31. 기간 중 취득 | - ‘25.12.31. → |
<개정이유> 지방 건설경기 활성화
4. 수용시 주택부수토지 판단 기준일 조정(소득령 §154⑦ㆍ§167의5ㆍ§168의12)
현 행 | 개 정 안 | ||
□ 주택부수토지 인정범위 | □ 예외 신설 | ||
ㅇ (배율*) 토지의 소재지ㆍ용도지역별 상이 * 건물이 정착된 면적에 해당 배율을 곱하여 산정된 면적 이내의 토지만 주택부수토지로 인정 - 도시지역 내 토지: ➊ 또는 ➋ ➊ 수도권 내 주거ㆍ상업ㆍ공업지역: 3배 ➋ 수도권 내 녹지 및 수도권 밖: 5배 - 그 밖의 토지*: 10배 * 관리지역, 농림지역, 자연환경보전지역 등 |
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ㅇ (기준일) 양도일 | ㅇ 토지수용시 용도 지역 판정기준일 예외 신설 | ||
<단서 신설> | - 협의매수ㆍ수용되는 경우: 사업인정 고시일 직전일 |
<개정이유> 수용되는 토지 등에 대한 과세 합리화
<적용시기> 영 시행일 이후 양도하는 분부터 적용
【법인세법 시행령】 |
1. 인건비 제한 적용대상 비영리법인 범위 명확화(법인령 §56⑪)
현 행 | 개 정 안 |
□ 비영리법인 임직원 인건비 한도* 적용대상 * 임직원별 연간 총급여 8천만원 이하 | □ 임직원 인건비 한도 적용 |
➀ 수익사업 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 * 고유목적사업 지출액 중 50% | ㅇ (좌 동) |
➁ 수익사업 소득의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 * 사회복지법인, 고유목적사업·일반기부금 지출액 중 80% 이상을 장학금으로 지출하는 법인 | ㅇ (좌 동) |
➂ 해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안 수익사업에서 발생한 소득 합계액의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입한 비영리내국법인 | ㅇ ➀ 및 ➁에 해당하는 비영리 내국법인으로 해당 사업연도와 직전 5개 사업연도 동안 수익사업에서 발생한 소득 합계액의 50%를 초과하여 고유목적사업준비금으로 손금산입한 비영리내국법인 |
<개정이유> 임직원 인건비 한도 적용 비영리법인 대상 명확화
2. CR리츠가 매입하는 미분양주택에 대한 법인세 추가과세 배제(법인령 §92의2②)
현 행 | 개 정 안 |
□ 토지 등 양도소득에 대한 | □ 추가과세 배제 주택 추가 |
ㅇ 공공지원민간임대주택, | ㅇ (좌 동) |
<추 가> | ㅇ CR리츠가 ‘25.1.1.~’25.12.31.중 매입한 비수도권 미분양 주택 |
<개정이유> 지방 건설경기 활성화
<적용시기> 영 시행일 이후 양도하는 분부터 적용
3. 내국법인의 국채등 이자소득에 대한 원천징수 절차 개선(법인령 §111⑧)
현 행 | 개 정 안 |
□ 한국예탁결제원에 예탁된 국채등에서 발생하는 이자소득의 | □ 원천징수의무자 범위 추가 |
ㅇ 한국예탁결제원에 계좌를 | ㅇ (좌 동) |
ㅇ 예탁자가 투자자로부터 예탁받은 국채등: 예탁자 | ㅇ (좌 동) |
<추 가> | - 다만, 국제예탁결제기구*가 예탁자인 경우로서 내국법인으로부터 예탁받은 국채등: 해당 내국법인 * 한국예탁결제원과 유사한 업무를 |
<개정이유> 국채 등 거래 활성화 지원
<적용시기> 영 시행일 이후 이자소득을 지급하는 분부터 적용
【종합부동산세법 시행령】 |
1. 비수도권 준공 후 미분양 주택 중과 배제 기간 연장(종부령 §4의3)
현 행 | 개 정 안 |
□ 준공 후 미분양 주택에 대한 종부세 | □ 적용기한 연장 |
ㅇ (대상주택) 아래 요건을 모두 충족 - 수도권 밖의 지역 소재 - 전용면적 85㎡, 취득가액 6억원 이하 | |
- ‘24.1.10. ~ ’25.12.31. 기간 중 취득 | - ‘25.12.31. → |
<개정이유> 지방 건설경기 활성화
【부가가치세법 시행령】 |
1. 면세농산물 등 의제매입세액공제 우대 공제한도 적용기한 연장(부가령 §84②･③)
현 행 | 개 정 안 | ||||||||||||||||||||||||||||
□ 면세농산물 등 의제매입세액 * 면세농산물 구입시 농산물 매입액의 일정률을 부가가치세 납부세액에서 공제 | □ 우대 공제한도 | ||||||||||||||||||||||||||||
ㅇ 공제율
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ㅇ 공제한도
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- (적용기한) ’25.12.31. * 우대 공제한도에 적용 | - ’27.12.31. | ||||||||||||||||||||||||||||
<개정이유> 영세 자영업자의 세부담 완화
【국제조세조정에 관한 법률 시행령】 |
1. 통합형피지배외국법인과세제도 적용기한 신설(국조령 §111①)
현 행 | 개 정 안 | ||||||
□ 통합형피지배외국법인과세제도 | □ 적용기한 보완 | ||||||
ㅇ 주주가 소유한 전 세계 피지배 외국 법인의 실효세율이 기준세율 미달 시, 차액분을 주주 소재지국에서 과세 |
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ㅇ 글로벌최저한세 실효세율 계산 시 | |||||||
< 신 설 > | ㅇ (적용기한) |
<개정이유> OECD 글로벌최저한세 행정지침 반영(통합형피지배외국법인과세제도의 세액(대상조세) 배분은 한시적 운영)
<적용시기> ’26.1.1. 이후 글로벌최저한세정보신고서 또는 추가세액 배분액을 신고하는 분부터 적용
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