국세청, “연구.인력개발비 세액공제, 신고 전에 확인받으세요!”

제출서류 간소화 및 신속한 사전심사로 성실신고 지원
사전심사 결과 따라 신고 경우 신고내용 확인 및 감면사후관리 제외
추후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소신고 가산세 면제
나홍선 기자 | hsna@joseplus.com | 입력 2022-01-25 12:00:07
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국세청은 연구.인력개발비(R&D) 세액공제 대상 여부의 불확실성을 해소하고 기업이 연구.인력개발 활동에 전념하도록 2020년부터 사전심사 제도를 운영해 오고 있다.

 

사전심사를 받고자 하는 기업은 신고기한 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청할 수 있으며, ○사전심사 결과에 따라 신고한 경우 신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, 추후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소신고 가산세가 면제되는 혜택이 있다.

 

국세청에 따르면, 올해부터는 제출서류를 간소화(공제대상임을 증명하는 서류를 급여대장 등 10가지로 명확화)하고 연구노트 작성방법을 국세청 누리집에 게재하여 편리하게 신청할 수 있도록 조치했으며, 지난 2년간 사전심사 결과를 바탕으로 금년 1월말에 연구.인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인을 발간하여 세액공제 가능 여부를 보다 쉽게 판단할 수 있도록 할 예정이다.

 

또한, 기업이 결산을 마감하기 전이라도 지출 예정 비용 또는 여러 가지 연구과제 중 특정한 과제만 선별하여 사전심사를 신청할 수도 있으며, 가급적 2월에 미리 신청하시면 심사결과를 조기에 통보받아 3월 법인세 신고에 반영할 수 있다. 

 

1

 

연구·인력개발비 세액공제 사전심사제도란?<국세청 제공>

(연구.인력개발비 세액공제) 내국인이 각 과세연도에 연구.인력개발비로 지출한 금액*일정 비율을 곱한 금액법인세(소득세)에서 공제하는 조세지원 제도이다.

* 신성장·원천기술 연구개발비, 국가전략기술 연구개발비, 일반 연구·인력개발비로 구분하여 차등 지원

(연구.인력개발비 세액공제 사전심사) 연구.인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국인의 신청에 따라 세액공제 적정 여부국세청이 사전에 확인해 주는 제도로서 2020년부터 시행하고 있다.

연구·인력개발비 세액공제는 조세절감 효과가 큰 반면, 연구·인력개발 활동 여부, 공제대상 비용 범위에 대하여 납세자와 과세관청 간 이견이 종종 발생한.

세무조사 등으로 세액공제잘못 신고된 것으로 확인되는 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있다.

이에 사전심사 제도를 통해 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화하여 기업이 연구.인력개발 활동에 전념할 수 있도록 지원하고 있다.

 

2

 

납세자는 사전심사를 어떻게 신청하나?

 

(신청인)연구.인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있다.

의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고할 수 있다.

(신청기한)법인세(소득세) 신고 전까지 신청할 수 있다.

신고시 연구.인력개발비 세액공제 신청을 누락한 부분 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 신청할 수 있다.

(신청방법)홈택스(www.hometax.go.kr)*, 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청할 수 있다.

*홈택스 : 신청/제출 > 일반세무서류 신청 > 민원명 찾기 연구” > 조회하기 > 연구·인력개발비 사전심사 신청

(신청대상 비용)연구.인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능하다.

세액공제를 이미 신청한 사항, 보완 요구에 대해 보완하지 아니한 사항, 정당한 사유 없이 답변.자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우 심사 제외될 수 있다.

(신청서류)연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 연구.인력개발비임을 증명하는 서류를 제출해야 한다.

 

3

 

국세청은 어떻게 심사하나?

(심사 내용)사전심사를 신청한 연구.인력개발비에 대하여 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토한.

(기술검토)신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 2 1항의 연구개발*에 해당하는지 여부

*과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동

(비용검토)신청인이 연구.인력개발에 지출한 금액이 조세특례제한법 10조에서 정한 공제 대상 금액인지 여부

(심사 관할)연구.인력개발비의 종류기업의 규모 등에 따라 심사 담당 관할을 구분하여 심사를 한다.

기술검토는 신성장.원천기술과 국가전략기술은 한국산업기술진흥원, 일반 연구.인력개발비는 국세청이 각각 담당하고, 비용검토는 국세청이 모두 담당한다.

< 연구·인력개발비 비교 >

구 분

정 의

세정지원

검토 기관

기술검토

비용검토

신성장·원천기술

연구개발비

조특령[별표7]에서

규정한 기술에 대한

연구개발비

·당기에 지출한 신성장원천기술연구개발비의 최대 40% 세액공제

한국산업

기술진흥원

국세청

국가전략기술

연구개발비*

조특령[별표72]에서

규정한 기술에 대한

연구개발비

·당기에 지출한 국가전략기술연구개발비의 최대 50% 세액공제

한국산업

기술진흥원

국세청

일반 연구·인력

개발비

위 연구개발비에

해당하지 않는

연구·인력개발비

·당기 지출 연구인력개발비의 최대 25%

·전년 대비 증가한 연구인력개발비의 최대 50%

, 선택하여 세액공제

국세청

국세청

* 국가전략기술 연구개발비 관련 내용은 현재 입법예고 중

기업규모별로 구분하여 중소기업에 대해서는 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당한다.

(서면심사 원칙)신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사원칙으로 진행한다.

제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있다.

심사 담당자는 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구.인력개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅을 제공한다.

(재심사 청구)심사결과이의가 있는 경우 1회에 한하여 재심사를 청구할 수 있다.

< 연구·인력개발비 세액공제 사전심사업무 흐름 >


 

 

4

 

2022년에 달라진 내용은 무엇인가?

(신청서류 정비) 신청서 작성과 증빙자료 제출의 어려움을 해소하고 신속한 심사를 위해 신청서 서식을 개정하고 사전심사에 꼭 필요한 서류만 제출하도록 간소화했다.

그 동안 사전심사를 진행하면서 업무 담당자별로 요구하는 증빙서류가 다르고, 범위도 너무 많다는 의견을 반영하여공제대상 연구.인력개발비임을 증명하는 서류는 사전심사에 필요한 서류로 한정하여 명확하게 했다.

< 사전심사 신청시 제출 서류 >


 

(누리집 보완)2020.1.1.부터 연구노트 등 작성보관이 의무화* 따라 연구노트 작성사례와 그 동안 수행한 사전심사를 토대로 세액공제 인정불인정 사례를 국세청 누리집에 게재했.

*연구·인력개발비 세액공제를 적용 받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 작성 5년간 보관해야 함(조특령 §9)

(기술심사 인력 증원)신속하고 정확한 사전심사를 위해 산업분야별 기술심사 전문인력을 증원(4)*한다.

*디자인콘텐츠, 에너지 및 유체공학, 정보통신, 생명공학 분야 채용절차 진행 중

 

5

 

사전심사를 받으면 어떤 혜택이 있나?

신청인이 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액반영하여 법인세(소득세) 신고한 경우 아래와 같은 혜택이 있습니다(, 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외).

사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인* 감면사후관리** 대상에서 제외된.

*사업자의 신고내용 중 특정 항목의 오류 또는 누락 혐의에 대하여 서면으로 해명 및 수정신고를 안내하여 신고내용의 적정 여부를 확인하는 업무

**감면요건의 일치 또는 중복공제·감면 여부 및 사후 법적의무의 이행여부를 서면 또는 현장확인 방법으로 관리하는 제도

세무조사 등으로 인해 심사 결과다르게 과세처분이 되더라도 과소신고 가산세면제된.

 

6

 

향후 추진계획은 무엇인가?

국세청은 사전심사 제도가 기업의 성실신고를 지원하고 연구.인력개발 투자를 통해 건실한 성장을 하는데 도움이 되도록 노력하겠다.

기업이 세액공제 적정여부를 스스로 판단하는데 도움이 되도록 연구.인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인을 제작.배포하여 성실신고를 지원하겠다.

과학기술정보통신부와 협업하여 기업의 연구소 및 전담부서 설립단계부터 연구.인력개발비 세액공제 및 사전심사 제도를 안내하는 등 적극적인 홍보를 실시하겠다.

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