국세청은 연구.인력개발비(R&D) 세액공제 대상 여부의 불확실성을 해소하고 기업이 연구.인력개발 활동에 전념하도록 2020년부터 「사전심사 제도」를 운영해 오고 있다.

사전심사를 받고자 하는 기업은 신고기한 전까지 홈택스, 우편, 방문접수를 통해 신청할 수 있으며, ○사전심사 결과에 따라 신고한 경우 ❶신고내용 확인 및 감면사후관리 대상에서 제외되고, ❷추후 심사결과와 다르게 과세처분 되더라도 과소신고 가산세가 면제되는 혜택이 있다.

국세청에 따르면, 올해부터는 제출서류를 간소화(공제대상임을 증명하는 서류를 급여대장 등 10가지로 명확화)하고 연구노트 작성방법을 국세청 누리집에 게재하여 편리하게 신청할 수 있도록 조치했으며, 지난 2년간 사전심사 결과를 바탕으로 금년 1월말에 「연구.인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인」을 발간하여 세액공제 가능 여부를 보다 쉽게 판단할 수 있도록 할 예정이다.

또한, 기업이 결산을 마감하기 전이라도 지출 예정 비용 또는 여러 가지 연구과제 중 특정한 과제만 선별하여 사전심사를 신청할 수도 있으며, 가급적 2월에 미리 신청하시면 심사결과를 조기에 통보받아 3월 법인세 신고에 반영할 수 있다. 

□(연구.인력개발비 세액공제) 내국인이 각 과세연도에 연구.인력개발비로 지출한 금액*에 일정 비율을 곱한 금액을 법인세(소득세)에서 공제하는 조세지원 제도이다.

* 신성장·원천기술 연구개발비, 국가전략기술 연구개발비, 일반 연구·인력개발비로 구분하여 차등 지원

□(연구.인력개발비 세액공제 사전심사) 연구.인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국인의 신청에 따라 세액공제 적정 여부를 국세청이 사전에 확인해 주는 제도로서 2020년부터 시행하고 있다.

○연구·인력개발비 세액공제는 조세절감 효과가 큰 반면, 연구·인력개발 활동 여부, 공제대상 비용 범위에 대하여 납세자와 과세관청 간 이견이 종종 발생한다.

○세무조사 등으로 세액공제가 잘못 신고된 것으로 확인되는 경우 수년간 공제받은 세액은 물론 가산세까지 추징될 수 있다.

⇒이에 사전심사 제도를 통해 세무상 불확실성을 해소하고 가산세 부담을 완화하여 기업이 연구.인력개발 활동에 전념할 수 있도록 지원하고 있다.

□(신청인)연구.인력개발비 세액공제를 적용받고자 하는 내국법인과 거주자(개인사업자)가 신청할 수 있다.

○의무적으로 신청해야 하는 것은 아니며, 사전심사를 거치지 않더라도 납세자의 판단에 따라 세액공제 대상으로 신고할 수 있다.

□(신청기한)법인세(소득세) 신고 전까지 신청할 수 있다.

○신고시 연구.인력개발비 세액공제 신청을 누락한 부분은 경정청구, 수정신고, 기한 후 신고 전까지 신청할 수 있다.

□(신청방법)홈택스(www.hometax.go.kr)*, 우편, 방문접수(세무서 민원봉사실, 지방청 법인세과)를 통해 신청할 수 있다.

*홈택스 : 신청/제출 > 일반세무서류 신청 > 민원명 찾기 “연구” > 조회하기 > 연구·인력개발비 사전심사 신청

□(신청대상 비용)연구.인력개발을 위해 이미 지출한 비용뿐만 아니라 지출 예정 비용도 신청 가능하며 여러 가지 연구과제가 있는 경우 특정과제에 대해서만 신청하는 것도 가능하다.

○세액공제를 이미 신청한 사항, 보완 요구에 대해 보완하지 아니한 사항, 정당한 사유 없이 답변.자료 제출을 거부하는 사항 등의 경우 심사 제외될 수 있다.

□(신청서류)연구·인력개발비 사전심사 신청서, 연구개발 보고서, 연구개발비 명세서, 그 밖의 공제대상 연구.인력개발비임을 증명하는 서류를 제출해야 한다.

□(심사 내용)사전심사를 신청한 연구.인력개발비에 대하여 기술과 비용 측면에서 세액공제 적정 여부를 검토한다.

○(기술검토)신청인이 수행한 연구개발 활동이 조세특례제한법 제2조 제1항의 연구개발*에 해당하는지 여부

*과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동과 새로운 서비스 및 서비스전달체계를 개발하기 위한 활동

○(비용검토)신청인이 연구.인력개발에 지출한 금액이 조세특례제한법 제10조에서 정한 공제 대상 금액인지 여부

□(심사 관할)연구.인력개발비의 종류와 기업의 규모 등에 따라 심사 담당 관할을 구분하여 심사를 한다.

○기술검토는 신성장.원천기술과 국가전략기술은 한국산업기술진흥원, 일반 연구.인력개발비는 국세청이 각각 담당하고, 비용검토는 국세청이 모두 담당한다.

* 국가전략기술 연구개발비 관련 내용은 현재 입법예고 중

○기업규모별로 구분하여 중소기업에 대해서는 각 지방국세청 법인세과 전담팀에서, 중견기업과 일반기업은 본청 공익중소법인지원팀에서 심사를 담당한다.

□(서면심사 원칙)신청인의 편의를 위해 비대면 방식으로 하는 서면심사를 원칙으로 진행한다.

○제출서류에 의해 사실관계가 정확히 확인되지 않는 경우에는 보완을 요구하거나 현장확인이 진행될 수 있다.

○심사 담당자는 신청인에게 사전심사의 주요 검토사항 및 향후 진행과정 등을 충분히 설명하고, 연구.인력개발비 세액공제에 대한 세무컨설팅을 제공한다.

□(재심사 청구)심사결과에 이의가 있는 경우 1회에 한하여 재심사를 청구할 수 있다.

< ｢연구·인력개발비 세액공제 사전심사｣ 업무 흐름 >

□(신청서류 정비) 신청서 작성과 증빙자료 제출의 어려움을 해소하고 신속한 심사를 위해 신청서 서식을 개정하고 사전심사에 꼭 필요한 서류만 제출하도록 간소화했다.

○그 동안 사전심사를 진행하면서 업무 담당자별로 요구하는 증빙서류가 다르고, 범위도 너무 많다는 의견을 반영하여「공제대상 연구.인력개발비임을 증명하는 서류」는 사전심사에 필요한 서류로 한정하여 명확하게 했다.

< 사전심사 신청시 제출 서류 >

□(누리집 보완)2020.1.1.부터 연구노트 등 작성･보관이 의무화*됨에 따라 ①연구노트 작성사례와 그 동안 수행한 사전심사를 토대로 ②세액공제 인정･불인정 사례를 국세청 누리집에 게재했다.

*연구·인력개발비 세액공제를 적용 받으려는 내국인은 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 작성 5년간 보관해야 함(조특령 §9⑩)

□(기술심사 인력 증원)신속하고 정확한 사전심사를 위해 산업분야별 기술심사 전문인력을 증원(4명)*한다.

*디자인･콘텐츠, 에너지 및 유체공학, 정보통신, 생명공학 분야 채용절차 진행 중

□신청인이 사전심사 결과에 따라 세액공제 금액을 반영하여 법인세(소득세)를 신고한 경우 아래와 같은 혜택이 있습니다(단, 부정확한 서류를 제출하거나, 사실관계의 변경·누락 및 탈루혐의가 있는 경우는 제외).

❶사전심사 신청 내용에 대해서는 신고내용 확인* 및 감면사후관리** 대상에서 제외된다.

*사업자의 신고내용 중 특정 항목의 오류 또는 누락 혐의에 대하여 서면으로 해명 및 수정신고를 안내하여 신고내용의 적정 여부를 확인하는 업무

**감면요건의 일치 또는 중복공제·감면 여부 및 사후 법적의무의 이행여부를 서면 또는 현장확인 방법으로 관리하는 제도

❷세무조사 등으로 인해 심사 결과와 다르게 과세처분이 되더라도 과소신고 가산세가 면제된다.

□ 국세청은 사전심사 제도가 기업의 성실신고를 지원하고 연구.인력개발 투자를 통해 건실한 성장을 하는데 도움이 되도록 노력하겠다.

○기업이 세액공제 적정여부를 스스로 판단하는데 도움이 되도록 ｢연구.인력개발비 세액공제 사전심사 가이드라인｣을 제작.배포하여 성실신고를 지원하겠다.

○과학기술정보통신부와 협업하여 기업의 연구소 및 전담부서 설립단계부터 연구.인력개발비 세액공제 및 사전심사 제도를 안내하는 등 적극적인 홍보를 실시하겠다.

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