국세청은 15일 올해 종합부동산세 합산배제 및 과세특례 적용이 예상되는 납세자 5만여 명에게 안내문을 발송했다고 밝혔다.

합산배제 및 과세특례 대상 부동산을 소유한 납세자는 9월 16일(화)부터 9월 30일(화)까지 신청을 하면 11월 정기고지 때 해당 부동산이 비과세되거나 1세대 1주택자로 과세되는 등 혜택을 받을 수 있다.

기존에 신청한 경우에는 계속 적용되므로 다시 신청하지 않아도 되지만, 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 변동내용을 반드시 신고해야 한다.

□(합산배제)

일정 요건을 갖춘 임대주택, 사원용주택 등과 주택신축용 토지를 합산배제 신고하면 종합부동산세 과세대상에서 제외된다.

올해에는 6년 단기임대주택 제도가 새롭게 시행됨에 따라 과세기준일(’25.6.1.) 전 임대 개시한 경우 9월 30일까지 지자체 단기임대주택 등록과 세무서 주택임대업 등록을 모두 마치면 합산배제를 신청할 수 있다.

□(1세대1주택 특례)

일시적 2주택, 상속주택, 지방 저가주택, 부부공동명의 주택은 특례 신청 시 1세대 1주택자 계산방식*을 적용받을 수 있다.

* 기본공제 12억, 연령(만 60세 이상) 및 보유기간(5년 이상)에 따른 세액공제(최대 80%) 적용

특히올해부터 1세대 1주택자가 소유한 주택이 재건축･재개발된 주택1) 또는 배우자로부터 상속받은 주택2)인 경우 특례 신청을 해야 보유기간별 세액공제를 적용받을 수 있다.

1) 재건축･재개발된 주택의 보유기간 계산은 멸실된 종전 주택을 취득한 날부터 적용

2) 배우자로부터 상속받은 주택의 보유기간 계산은 배우자가 해당 주택을 취득한 날부터 적용

□(신고도움)

홈택스*를 이용하시면 미리채움 서비스, 합산배제 자가진단, 세액 모의계산 등 다양한 도움자료를 활용해 편리하게 신청할 수 있다.<*홈택스 접속 경로 : 로그인 후 화면 하단 ‘세무 업무 가이드맵(Map)’ 》 ‘종합부동산세’>

□국세청은 합산배제 및 과세특례 신고(신청)를 받아 이를 11월 종합부동산세 정기 고지에 반영하기 위해 9월 10일부터 합산배제 대상 주택 소유자･일시적 2주택자 등 5만여 명에게 신고(신청)안내문*을 발송하였습니다.

* 안내문 발송: 모바일 안내문 9.10.(수), 우편 안내문 9.15.(월)

□합산배제 대상 임대주택･사원용 주택 등, 일시적 2주택･상속주택･지방 저가주택, 멸실되어 재개발･재건축된 1주택 소유자 등은 9월 16일부터 9월 30일까지 홈택스 또는 서면으로 합산배제 또는 과세특례를 신고(신청)하시면 됩니다.

○합산배제를 신고한 물건은 11월 종합부동산세 정기고지 시 과세대상에서 제외되며, 일시적 2주택･상속주택 등의 1세대 1주택자 과세특례를 신청한 납세자는 1세대 1주택자 계산방식이 적용됩니다.

-올해부터 ’25.6.4. 이후 등록한 6년 단기임대주택도 ’25.6.1. 현재 임대 개시하고 ’25.9.30.까지 시·군·구청 임대사업자 등록과 세무서 주택임대업 등록을 모두 마치는 경우 합산배제를 신청할 수 있습니다.

-또, 올해부터는 노후 등으로 멸실되어 재건축･재개발한 주택 또는 배우자로부터 상속받은 주택 1채만을 소유한 자는 「1세대1주택 보유기간 계산 특례신청서」를 제출해야 보유기간별 세액공제 적용이 가능합니다.

□국세청은 어려운 종합부동산세 합산배제 내용을 알기 쉽게 전달하기 위해 납세자 유형별로 필요한 내용만 간추려 맞춤형 안내를 실시합니다.

○(사업자 유형별 안내) 합산배제 안내문을 ｢주택 임대사업자｣용과 ｢주택 건설사업자｣용으로 세분화 하여 납세자 유형별 맞춤 안내*를 실시합니다.

*(주택 임대사업자) 임대주택 합산배제 요건, 임대주택 관련 합산배제 유의사항 등

(주택 건설사업자) 주택건설사업 관련 합산배제 유형 및 적용요건, 추징사유 등

○(홈택스 안내)임대주택 합산배제 자가진단, 종부세 세액 모의계산, 각종 신청화면 등에 접속할 수 있는 홈택스 경로를 안내하고, 복잡한 설명 내용은 간소화하였습니다.

□대상물건

○합산배제 신고 대상은 전용면적 및 공시가격 등 요건을 갖춘 임대주택, 사원용주택 등(기숙사, 미분양 주택 포함)과 주택건설 사업자가 주택건설을위해 취득한 토지입니다.

* 자세한 요건은 [참고2] 참조

○(임대주택) 일정 요건을 충족한 주택으로서 과세기준일(6.1.) 현재 실제 임대하고 지자체와 세무서에 임대사업자 등록한 주택을 말합니다.

※ 6.1. 현재 임대 중인 주택을 9.30.까지 사업자등록하면 6.1. 사업자등록을 한 것으로 인정

○(사원용주택 등) 일정 요건을 갖춘 사원용 주택, 기숙사, 주택건설업자의 미분양주택, 주택건설 멸실목적 주택, 등록문화재주택 등을 말합니다.

○(주택건설용 토지) 주택건설사업자가 주택건설을 위하여 취득한 토지로서 취득일부터 5년 내 주택법에 따른 사업계획승인을 받을 토지를 말합니다.

□신고유형

○(최초·추가 신고)최초로 합산배제 신고를 하거나, 합산배제 대상물건을 추가하려는 경우에는 대상물건을 추가(과세대상 제외)하는 신고를 하면 됩니다.

○(변동 신고)기존 합산배제 신고한 물건의 소유권, 면적 등 변동사항이 있는 경우 이를 반영하여 합산배제 신고를 다시 하여야 합니다.

○(제외 신고)임대등록이 말소되었거나 임대료의 5%를 초과하여 임대계약을 갱신하는 등 합산배제 요건을 충족하지 못하게 된 경우에는 제외(과세대상 포함)하는 신고를 하여야 합니다.

○(신고 면제)기존 합산배제 신고서를 제출한 납세자는 신고내용에 변동사항(소유권, 면적 등)이 없는 경우에는 별도로 신고할 필요가 없습니다.

□올해 주요 개정 내용

○(단기임대주택 추가)’25.6.4. 이후 임대사업자등록한 단기임대주택*으로 6년 이상 임대하여야 하고 연 임대보증금 또는 임대료 증가율 5%이하, 1년 이내 재증액 금지 등 요건을 충족하는 경우 합산배제 가능합니다.

*단기매입임대주택: 비조정지역(아파트 제외), 공시가격 수도권 4억원(수도권밖 2억원) 이하 등 단기건설임대주택: 면적 149㎡ 이하, 2호 이상 임대, 공시가격 6억원 이하 등

○(임대주택 가액요건 완화)30호 이상 건설 또는 30호 이상 매입해 공급하는 민간임대주택(10년 임대)에 대한 합산배제 공시가격 가액요건이 완화*되었습니다.

* [건설형] (현행) 9억원 이하 → (개정) 12억원 이하

[매입형] (현행) 6억원(비수도권 3억원) 이하 → (개정) 9억원(비수도권 6억원) 이하

○(사원용주택 변동 신고) 사원용주택을 보유한 종합부동산세 납세의무자가 최초의 합산배제 신고를 한 연도의 다음 연도부터는 그 신고한 내용 중 거주하는 종업원(임차인), 임차료 및 임대보증금 등이 변동된 경우 합산배제 변동 신고를 해야 합니다.

□ 1세대 1주택자 적용 특례

□ 1세대 1주택자 판단 시 주택 수 산정 제외 특례

○1세대 1주택자가 기존주택을 양도하기 전 다른 주택을 대체취득(일시적 2주택)하거나, 상속주택, 지방저가주택을 소유하는 경우 납세자 신청에 따라 1세대 1주택자 계산방식을 적용받을 수 있습니다.

○ (신청대상) 과세기준일인 ’25년 6월 1일 현재 1주택과 아래 주택을 함께 보유한 경우 주택수 산정 특례를 신청하실 수 있습니다.

○(유의사항) 일시적 2주택자가 신규주택 취득일로부터 3년 이내에 종전 주택을 양도하지 않는 경우 경감받은 세액(정상납부할 세액과 과소납부한 세액의 차액)과 이자상당가산액이 부과되니 유의하시기 바랍니다.

□ 부부 공동명의 1주택자 특례

○부부가 공동으로 1주택을 소유하고 있는 경우 특례 신청 시 1세대 1주택자 계산방식을 적용받을 수 있습니다.

○ (신청대상) 과세기준일인 ’25년 6월 1일 현재 거주자*인 부부가 공동으로 1주택만을 소유하고, 다른 세대원은 주택을 소유하지 않아야 합니다.

* 국내에 주소를 두거나 183일 이상 국내에 거소를 둔 개인

○ (세제상 차이) 특례 적용시와 미적용시 차이점은 아래와 같습니다.

○(유의사항)부부 공동명의 특례 적용이 오히려 불리할 수도 있으니, 홈택스(손택스) 종부세 모의세액계산 서비스* 등을 활용하여 특례 적용 유불리 여부를 검토 후 신청하시기 바랍니다.

*홈택스(하단) 세무업무 가이드맵(Map)》종합부동산세》종합부동산세 고지･모의계산》모의계산
손택스 》전체메뉴 》세금신고 》종합부동산세 신고 》종합부동산세 간이세액계산

<1주택을 부부가 50:50 지분율로 공동소유하는 경우 표준 세부담 비교표>

□ 1세대 1주택자 보유기간 계산 특례

○1세대1주택자 소유주택이 멸실되어 재건축･재개발된 주택 또는 배우자로부터 상속받은 주택에 해당하는 경우 「1세대1주택 보유기간 계산 특례신청」을 해야 보유기간에 따른 세액공제 적용이 가능합니다.

□ 세율 적용 특례

□세율 적용 시 주택 수 산정 제외 특례

○ 상속주택, 무허가주택 부속토지, 소형 신축주택, 준공 후 미분양주택 소유자가 특례 신청 시 해당 주택은 세율 적용 주택수 계산에서 제외되어 3주택 이상자에게 적용되는 중과세율을 적용받지 않을 수 있습니다.

○(신청대상) 과세기준일인 ’25년 6월 1일 현재 소유하고 있는 아래 주택은 세율 적용 시 주택 수 산정 제외 특례를 신청할 수 있습니다.

○(유의 사항) 상속주택 등 특례 주택을 제외하고 그 외 나머지 주택 수가 3주택 이상이면 중과세율이 적용될 수 있습니다.

□ 법인 일반 누진세율 적용 특례

○공익법인, 공공주택사업자 등 일정한 법인은 특례 신청 시 주택분 종합부동산세 기본공제, 일반 누진세율, 세부담상한을 적용*받을 수 있습니다.

*그 외 일반법인이 보유한 주택은 종합부동산세 계산 시 단일세율(2.7%, 5%)이 적용되고, 기본공제 및 세부담 상한 적용 배제

○ (신고대상) 과세기준일인 ’25년 6월 1일 현재 법에서 열거한 아래 법인 또는 법인으로 보는 단체는 특례를 신고할 수 있습니다.

○(세제혜택) 특례 신청 법인은 아래와 같이 주택분 종합부동산세 기본공제, 일반누진세율, 세부담상한을 적용받을 수 있습니다.

*공익법인 등은 주택 사용 용도, 주택 수에 따라 최대 5%까지 적용 가능

○(유의사항)공익법인 등은 직접 공익목적사업에 사용하지 않는 주택이 1채라도 있는 경우 최고 5%까지 중과누진세율이 적용될 수 있습니다.

□홈택스를 이용하여 전자신고(신청)할 경우에는 신고(신청)에 필요한 내용을 미리채움으로 제공하여 보다 쉽게 신고(신청)*할 수 있습니다.

*홈택스(하단) 세무 업무 가이드맵(Map) 》 종합부동산세 》 각 신고(신청) 메뉴 선택

○서면으로 신고·신청하시는 경우 홈택스(www.hometax.go.kr)* 또는 세무서에서 신고 서식을 제공받아 작성하시면 됩니다.

* 홈택스 》 (웹페이지 우측 메뉴) 세무서식 》 세무서식 다운로드

□홈택스 ‘종합부동산세 모의세액계산 프로그램’을 이용하면 부부공동명의 특례 적용 시 세액, 1세대 1주택자 특례 적용 시 세액 등 본인이 납부해야 할 예상세액을 미리 모의계산해 볼 수 있습니다.

□임대주택은 종류, 소재지, 취득시기 등 다양한 조건에 따라 합산배제 가능 여부가 달라지는데, 홈택스 ‘임대주택 합산배제 자가진단’을 이용하면 합산배제 가능 여부를 쉽게 알아볼 수 있습니다.

□ 또한, 안내문에 기재된 각 세무서 담당자 또는 국세청 국세상담센터에 문의하시면 친절히 안내받으실 수 있습니다.

□합산배제 및 과세특례를 적용받은 후 요건을 충족하지 못한 것으로 확인되는 경우 경감받은 세액과 이자상당가산액 등을 추가 납부해야 하므로 성실하게 신고(신청)하시기 바랍니다.

1.민간임대주택 종합부동산세 합산배제 대상 확대

○30호 이상 건설 또는 30호 이상 매입해 공급하는 민간임대주택(10년 임대)에 대한 종합부동산세 합산배제 가액(공시가격) 요건 완화*

* [건설형] (현행) 9억원 이하 → (개정) 12억원 이하

[매입형] (현행) 6억원(비수도권 3억원) 이하 → (개정) 9억원(비수도권 6억원) 이하

2.단기민간임대주택 합산배제 대상 추가

○’25.6.4. 이후 등록한 단기민간임대주택에 대한 합산배제 가능

- 2025년에 단기민간임대주택 합산배제 적용이 가능하기 위해서는 과세기준일(6.1.) 현재 임대 개시한 주택으로서 2025.9.30.까지 민간임대주택법에 따라 시군구청 단기임대주택 등록(6년 이상) 및 세무서 주택임대업 사업자등록을 하여야 하고,

- 단기건설임대주택은 면적 149㎡ 이하, 공시가격 6억원 이하, 2호 이상 임대주택의 적용요건 갖추어야 하며, 단기매입임대주택은 비조정지역에 소재하는 주택(아파트 제외)으로 수도권 4억원(비수도권 2억원) 이하 주택임대의 요건을 갖추어야 함

3.1세대1주택자 보유기간 특례 신청

○1세대1주택자가 소유하는 멸실되어 재건축 또는 재개발된 주택 및 배우자로부터 상속받은 주택에 대하여는 주택의 보유현황 신고기간(9.16. ~ 9.30.)에 「1세대1주택자 보유기간 계산 특례(변경) 신청」 필요

-특례신청서를 제출한 경우 멸실되어 재건축･재개발된 주택은 종전 주택을 취득한 날부터, 배우자로부터 상속받은 주택은 피상속인이 해당 주택을 취득한 날부터 보유기간을 계산하여 세액공제를 적용함

□임대주택 유형별 합산배제 요건(｢종합부동산세법 시행령｣ 제3조)

○과세기준일(6.1.) 현재 실제 임대하는 주택으로서, 합산배제 신고기한까지 지자체 임대등록 및 세무서 사업자등록(주택임대업)을 하고 아래 요건을 갖춘 주택

1)① (장기임대) 장기일반민간임대주택 및 공공지원민간임대주택을 말함

②(장기전환) ’20.8.17. 이전 등록한 단기민간임대주택을 ’20.7.11. 이후 장기일반민간임대주택 또는 공공지원민간임대주택으로 변경신고한 경우 합산배제 불가능

2)① (아파트) 민간매입임대주택 중 아파트는 ’20.7.11. 이후 임대사업자등록신청을 한 경우 합산배제 불가능

3)②(개인 조정대상지역 임대주택)1세대가 국내에 1주택 이상을 보유한 상태에서 세대원이 조정대상지역에 있는 주택을 ’18.9.14. 이후 취득한 경우 합산배제 불가능

③(법인 조정대상지역 임대주택)법인 또는 법인으로 보는 단체가 소유한 조정대상지역에 있는 주택은 ’20.6.18. 이후 임대사업자등록신청 또는 주택임대업 사업자등록신청을 한 경우 합산배제 불가능

4)(임대기간)’20.8.17. 이전 임대사업자등록신청을 한 주택은 임대기간 8년

5)임대료등 증액 청구는 임대차계약의 체결 또는 약정한 임대료 등의 증액이 있은 후 1년 이내에는 하지 못함

단, ｢공공주택 특별법｣ 제49조 제4항에 따라 임대료 등을 증액하는 경우에는 5% 초과 가능

6)’25.6.4. 이후 임대사업자 등록을 한 단기임대주택

□ 주요 합산배제 사원용 주택 등(｢종합부동산세법 시행령｣ 제4조)

□ 주택 건설업자의 주택신축용 토지(｢조세특례제한법｣ 제104조의 19)

○(취득주체) (도시정비법)정비사업시행자, (소규모주택정비법)소규모주택정비사업시행자, (주택법)주택조합·고용자·주택건설등록사업자, 프로젝트금융투자회사(PFV)가 취득

○(주택신축용토지) 주택건설을 목적으로 취득한 종합합산토지로서 취득일로부터 5년 이내에 ｢주택법｣에 따른 사업계획 승인*을 받을 토지

*취득일로부터 5년 이내 ｢주택법｣에 따른 사업계획 승인을 받지 못한 경우 경감받은 세액과 이자상당가산액 추징.

[저작권자ⓒ 조세플러스. 무단전재-재배포 금지]