1. 법인합병 및 분할 취득세 개요

합병에 대한 취득세 관련 법률의 규정을 보면 다음과 같다. 

1962.1.20. 제정된 상법에서 회사의 합병에 대해 최초로 규정하였다. 이에 앞서 구(舊)지방세법(1954.4.14.)에 취득세 비과세 항목을 신설하여 비과세 대상이었다. 그리고 등록세는 조특법에 따라 면제대상이었기 때문에 세부담이 없었다. 

이후 2011년 취득세·등록세 세목통합으로 과세체계가 조정되었는데, 지방세법에서는 종전의 등록세율에 해당하는 세부담만 부과하도록 제15조 제1항의 취득세 특례세율이 도입되었다.

등록세의 경우 2011년 세목통합 이전 조특법 제119조(①2)에서 합병에 따라 양수하는 재산에 관한 등기에 대해서는 등록세를 면제하였는데, 등록세가 취득세에 통합됨에 따라 조특법 제120조에 취득세(구 등록세 관련) 면제 규정이 신설되었다. 그리고 2014.12.31. 조특법에 있는 지방세 면제 규정이 지특법으로 이관되면서 지특법 제57조의 2(기업합병·분할 등에 대한 감면)에 취득세 면제 규정을 신설하였다.
 

2016.1.1.부터 합병 중 비적격합병에 대한 세율특례 규정을 정비하였다(법 제15조 ① 3호). 종전에는 법인간 합병의 경우 형식적 취득으로 보아 구 취득세(2%)를 과세제외하고 특례세율(4%→2%)로 과세하였다. 그런데, 법인의 합병에 따른 세율특례 적용과 관련된 특례요건이나 사후관리 규정을 두지 않아 사업이 폐지되거나 법인의 소유주체가 변경되는 경우에도 합병의 형식만 갖추면 특례가 적용되어, 조세회피를 목적으로 합병형식을 빌어 사업용 부동산을 취득하는 사례(흡수합병 형식을 빌어 소유권을 이전받은 후 피합병법인이 영위하던 사업을 모두 폐지하고 존속법인의 새로운 사업장으로 사용)가 발생하였다.
 

이에 따라 법인합병에 따른 취득세 과세특례 요건(법인세법 제44조 ②·③의 적격합병 요건 규정을 차용) 및 사후관리 규정(법인세법 제44조의 3 ③의 사후관리 규정을 차용)을 신설하여, 적격합병 요건을 갖춘 경우에만 취득세 세율특례를 적용하고 사후관리 요건을 구비하지 못한 경우에는 추징할 수 있도록 하였다.
 

한편 분할에 관한 규정을 보면, IMF 당시 기업분할제도가 도입되면서 상법(1998.12.28.)에서 회사의 분할에 대해 최초로 규정하였다. 동시에 조세특례제한법(1998.12.28.)에서 취득세·등록세 면제 규정을 신설하였다.

2011.1.1. 세목통합 이후에는 조특법에서 취득세 면제규정으로 유지되었고, 2014.12.31. 조특법의 지특법 이관 이후에는 지특법 제57조의 2 제3항 제2호에서 취득세 면제 규정을 두었다. 2023년 합병·분할에 대한 과세표준과 세율에 대한 개정이 있었다.
 

2. 합병·분할의 세율 및 과세표준
 

합병·분할에 대한 세율과 과세표준에 대해 법에서 직접적으로 규정하고 있지는 않다. 관련 세율을 보면 부동산의 무상취득은 3.5%, 유상취득(그 밖의 취득)은 4%(주택 유상거래로 인한 취득은 1~3%)로 규정하고 있는데, 합병법인 또는 분할신설법인이 과세대상을 취득할 때 유상 또는 무상취득 중 무엇으로 볼 것인지에 따라 달라진다.
 

법인의 발기인 또는 신주인수인이 회사에 대하여 현물출자를 하면 회사는 이들에게 주식을 발행·교부하게 되는데 현물출자와 주식의 교부는 서로 대가관계에 있는 것으로, 현물출자의 유상성이 인정된다고 판단(대법원 92누15895)하였다.
 

그리고 이와 유사한 물적분할의 경우 분할로 인하여 분할전 법인에게 분할로 승계한 자산에 대한 대가로 주식을 교부하는 경우에는 대가의 지급이 있다고 보아 유상취득에 해당한다(행안부 지침, 조심2019지1939).

한편 최근 하급심 판례(수원고법 2021누11131, 2021.12.17.)에서 물적분할에 의한 자산이전은 유상이 아닌 무상취득 세율을 적용한다고 보았다. 현물출자의 경우 출연재산의 가치에 상응하여 발행주식 수가 결정된다는 점에서 물적분할과 차이가 있고, 분할계획서에서 정하는 바에 따라 개별적인 권리이전 절차 없이 포괄적으로 승계(상법 §530-10, 530-12)되고, 분할회사가 배정받는 분할신설회사의 신주는 분할신설회사의 출연에 따른 것으로 볼 수 없으며, 결국 양자는 교환적·대가적 관계로 볼 수 없어 유상 취득으로 적용할 수 없다는 이유이다.
.
행안부 합병·분할의 세율·과세표준에 대한 운영지침 및 행정해석에 따르면 다음과 같다. 

대법원 판례에서 합병에 대해 무상 취득으로 본 점을 참고하여 무상취득으로 보았다. 현물출자가 유상에 해당한다는 판례에 따라 이와 유사한 물적분할을 유상으로, 인적분할은 합병과 유사하다는 측면에서 무상으로 보고 있다(지방세정책과-26, 2016.1.5.).
 

이후 행정해석에서 인적분할 중 비적격의 경우 유상취득으로 보았다(지방세운영과-889, 2017.6.26., 부동산세제과-3448, 2021.12.23.). 세율은 과세표준과도 관련되는데 무상취득은 사실상 취득가격 적용대상이 아니므로 시가표준액이 된다. 합병으로 토지를 취득하는 경우 무상취득으로 보아 시가표준액이 과세표준이라고 판단(대법원 98두19193)하였다.
 

유상취득의 경우 취득의 대가관계가 성립하는 것이므로, 법인의 경우 장부상 확인되는 사실상 취득가격이 과세표준이 된다. 적격 물적분할로 취득하는 경우 유상으로 보아 장부가액을 과세표준이라고 보았다(부동산세제과-3447, 2021.12.23.).
 

2023년 합병·분할에 대해 그동안 취득의 원인이 유상인지 무상인지 그에 따른 세율과 과세표준에 대한 개정이 있었다. 합병·분할로 취득하는 경우 상대방 법인(또는 주주)에게 주식이 제공되는 등 대가관계에 있는 점을 감안 일괄 유상취득 세율을 적용하도록 하였다.
 

이는 법인세법상의 합병·분할에 대한 과세취지를 취득세에서도 반영하였다고 볼 수 있다. 법인세법의 경우 2009.12.31. 합병·분할에 대한 과세체계 개선하였는데, 법인이 합병·분할하면서 자산을 포괄적으로 이전·승계하는 경우 과세이연 요건을 갖추면 모든 자산을 장부가액으로 양도한 것으로 보게 되었다(법 §44, §46). 개정된 세율에 따라 세율특례(합병) 및 감면율을 적용하면 다음과 같다.

2023년부터 합병·분할에 대한 세율규정 보완과 동시에 과표도 시가인정액으로 변경되었다. 합병·분할로 부동산을 취득하는 경우 시가인정액을 과세표준으로 적용하되, 시가인정액을 산정하기 어려운 경우에 시가표준액을 과표로 적용한다.

일반적으로 합병·분할시 감정평가를 거치므로 시가인정액을 산정하기 어려운 경우로 볼 수 없다 할 것이다. 만약 감정가액으로 신고하지 않는 경우, 향후 과세관청이 조사한 감정가액 등을 지방세심의위원회에서 심의를 거쳐 적용될 수 있을 것이다(2023.1. 행안부 과표 매뉴얼).

① 합병 당시 법인장부에 기재된 토지 가격을 사실상의 취득가격으로 보아 과표로 삼을 수 없음 : 판결문·법인장부 중 대통령령이 정하는 것에 의하여 취득가격이 입증되는 취득에 대하여는 취득세의 과세표준을 사실상의 취득가격에 의하되, 증여·기부 기타 무상취득의 경우를 제외한다고 규정하고 있는바, 법인의 합병으로 인하여 취득한 토지가 법인의 비업무용 토지로 되어 그 합병으로 인한 취득이 취득세 중과대상인 취득에 해당한다고 하더라도, 이 때의 취득은 무상취득으로 봄이 상당하므로, 합병 당시 법인장부에 기재된 당해 토지의 가격을 사실상의 취득가격으로 보아 취득세 과세표준으로 삼을 수 없음 … 합병으로 인한 이 사건 토지의 취득이 무상취득에 해당하여 취득가액이 있을 수 없으므로, 시가표준액에 의하여 취득세 과세표준을 산정하여야 함(대법원 98두19193, 2000.10.13.)

② 비적격 인적분할시 분할신설법인은 분할법인으로부터 부동산 등을 유상 취득한 것임 : 법인세법상 사업목적의 분할, 지분의 연속성, 사업의 계속성 등의 요건을 충족하지 못하는 경우 분할신설법인등이 분할법인등으로부터 분할등기일 현재의 시가로 양도받은 것으로 규정(제46조 ①, 제46조의 2 ①)하고 있는 점, 본 건의 경우 비적격 분할로서 분할 당시 소액주주에 대한 주식배정이 없었으며, 분할 전부터 투자자 유치계획에 따라 분할신설법인의 소유 주체의 변동이 예정되어 있었던 점에서 볼 때, 회사 내부 조직변경을 통해 사업을 계속 진행하였다기보다는 투자자 모집을 통해 새로운 법인을 분할신설하여 사업을 진행한 것으로 현물출자와 같은 유상성격으로 볼 수 있는 점 등 … 유상승계로 취득한 것으로 보아 해당 과세표준 및 세율을 적용(지방세운영과-889, 2017.6.26.)

③ 비적격 인적분할합병시 분할법인으로부터 유상 취득한 것임 : 분할이 「법인세법」 제46조 제2항 제1호의 요건을 충족하지 못하여 비적격 인적분할합병에 해당하므로 분할법인으로부터 부동산을 취득하는 경우 “유상세율”을 적용하는 것이 타당(부동산세제과-3448, 2021.12.23.)

④ 법인의 물적분할은 분할로 인하여 새로운 법인이 설립되면서 분할전 법인의 일부 분리독립가능한 사업부분을 승계받고 이에 대한 대가로 주식을 분할전 법인에게 교부하는 방식으로 이루어지는 것이고, 현물출자와 주식의 교부는 서로 대가관계에 있는 것으로 볼 것이므로, 현물출자의 유상성이 인정됨(조심2019지1939, 2019.11.21.)

⑤ 물적분할은 무상취득 세율 적용 대상 : 분할계획서에서 정하는 바에 따라 개별적인 권리이전 절차 없이 포괄적으로 승계(상법 §530-10, 530-12) … 분할회사가 배정받는 분할신설회사의 신주는 분할신설회사의 출연에 따른 것으로 볼 수 없고, 결국 양자는 교환적·대가적 관계로 볼 수 없어 유상 취득으로 적용할 수 없음(수원고법 2021누11131, 2021.12.17.) … 물적분할에 의한 자산이전은 유상이 아닌 무상취득 세율을 적용
 

⑥ 현물출자를 하면 회사는 이들에게 주식을 발행·교부하게 되는데 현물출자와 주식의 교부는 서로 대가관계에 있는 것으로, 현물출자의 유상성이 인정됨(대법원 92누15895, 1993.4.27.)
 

3. 합병에 대한 세율특례
 

2022년 이전 규정(§15 ① 3)에 따르면 합병에 따른 취득은 무상취득으로 간주하므로 적격합병이면 무상취득세율 3.5%에서 2%를 제외한 1.5%의 세율이 적용되고, 비적격합병에 해당한다면 3.5% 세율이 적용된다. 그리고 지특법(제57조의 2 ①)에서 적격 합병에 의한 취득에 대해 감면(50%, 60% 등)을 적용하고 있는데, 지방세법상 1.5% 특례세율에서 지특법에 따른 감면(50%, 60% 등)이 적용(예. 1.5%×50%=0.75%) 된다.
 

분할은 일반세율(특례세율 없음)이 적용된다. 행정해석대로라면 물적분할로 토지 또는 건축물을 취득하면 4% 세율이 적용되고, 지특법 제57조의 2 제3항 제2호에 따라 75% 감면이 적용(예. 4%×25%=1%)된다. 2023년부터 일괄적으로 표준세율이 4%가 적용된다(농지의 경우 3%).
 

① 노동조합 합병으로 합병신설법인이 이전 받은 부동산은 특례세율 적용대상 : 법인합병에 대한 舊취득세 비과세는 「지방세법」 제정(1961년) 당시부터 시행되었던 것으로, 2011년 개정 지방세법에서도 이를 반영하여 세율특례 대상으로 규정하였고, 2015년 적격합병 요건이 추가되었는데, 이는 조세회피 수단으로 합병이 활용되는 사례를 방지하려는 것이었으며, 이에 따라 영리법인간 합병에 대하여는 저율의 세제혜택을 부여하고, 비영리법인(노동조합)은 고세율로 과세될 경우 불형평이 초래될 수 있다는 점 … 비영리사단법인인 노동조합이 적격합병 요건에 준하는 기준(주식 또는 출자액 대신 조합원수 적용 등)을 충족하는 경우 특례세율 적용 대상(지방세운영과-2754, 2018.11.15.)

〈 합병법인의 세율특례 제외 〉
지방세법 제15조 제1항 제3호는 합병으로 취득하는 경우 세율특례(1.5%, 23년부터는 2%)를 규정하고 있는데, 단서에서 “법인의 합병으로 인하여 취득한 과세물건이 합병 후에 제16조에 따른 과세물건에 해당하게 되는 경우”를 규정하고 있다. 합병(취득)한 후 5년 이내에 제16조에 해당하게 된 경우는 (1) 대도시 법인의 본점 신증축 관련 중과세(§13 ①), (2) 법인의 신설 등에 따른 중과세(§13 ②), (3) 사치성재산에 대한 중과세(§13 ⑤)가 있다.

지방세관계법 운영 예규(15-2)를 보면, 합병으로 인하여 존속하는 법인이 취득하는 소멸법인 소유의 과세물건 중 고급오락장 등 합병 전부터 중과세대상에 해당하는 물건인 경우에는 「지방세법」 제15조 제1항 제3호 단서규정에 해당되지 않는다. 즉 이 경우에는 세율특례가 적용된다.
 

고급오락장 중과 관련 : 합병 전 피합병법인이 소유당시 고급오락장인 상태에서 합병법인이 취득하여 여전히 고급오락장인 경우는 예규에 따라 단서규정 적용대상이 아니므로 즉 세율특례(2%) 대상이 된다.
 

법문을 보면 중과기준세율 2%만 공제토록 하고 있는데 이는 합병으로 인한 취득은 세목통합 전 취득세가 비과세되고 등록세만 과세(감면추가)되었던 점을 고려한 것으로 이해된다. 반면 합병 전 고급오락장이 아니었는데 합병 후 고급오락장이 된 경우는 단서가 적용되어 세율특례 대상에서 제외되어 우선 표준세율(4%)이 적용되어야 하고, 제16조에 따라 취득(합병) 후 고급오락장이 되었으므로 8% 세율이 추징되어야 할 것이다.
 

대도시 법인의 본점 사무소 신증축에 따른 중과 관련 : 합병전 피합병법인이 건축물을 신축하여 일반 용도로 사용중인 상태에서 합병법인이 취득하여 합병법인의 본점사무소용으로 사용된다면 단서규정이 적용되어 세율특례 대상에서 제외되어 표준세율이 적용된다.
 

그리고 고급오락장과 달리 제16조에 따른 중과대상에는 해당하지 않는다고 사료된다. 왜냐하면 본점 사무소 신증축 중과세는 원시취득자인 피합병법인과 관련되는데 이미 소멸되었기 때문에 적용할 여지가 없다.
 

단지 합병법인에게 무상승계취득에 대한 일반세율이 적용되는 것이다. 이와 관련하여 행안부 해석에서 제15조 제1항 제3호의 합병법인을 제16조에 적용시 합병법인이 피합병법인의 지위에서 중과 대상에 이르렀는지를 판단하여야 하고, 합병법인의 본점사무소용에 해당한다면 합병취득에 대한 세율특례 대상에서 배제하는 것이 타당하다고 보았다(부동산세제과-683, 2022.3.11.). 사실상 합병법인이 직접 본점사무소를 신축할 목적으로 합병 방식을 통해 본점을 신축한 경우라면 실질과세 측면에서 세율특례를 적용하지 않겠다는 취지로 보인다.

장상록 안진세무법인 부대표   (법학박사,경영학박사, 부동산학박사) ◇ 경력 現) 한국세무사회 세무연수원 교수 現) 한국조세연구포럼 부회장 現) 한국세무회계학회 부회장 現) 한국조세정책학회 부회장 現) 한국지방세학회 부회장 現) 대한세무학회 부회장 現) 법제처 국민법제관 現) 안진세무법인 부대표 ◇ 저서 취득세 이해와 중과세해설(도서출판 탐진, 2024, 2025) 부동산보유세 이해와 실무(도서출판 탐진, 2025) 취득세 이해와 실무(도서출판 탐진, 2023) 개발부담금 이해와 실무(도서출판 탐진, 2023) 부동산개발 세무실무(도서출판 탐진, 2022) 취득세 해설과 신고실무(도서출판 탐진, 2020 2022) 산업단지 입주기업 지방세감면실무(북랩, 2020) 지방세 세무조사 실무(삼일인포마인, 2017 2019) 지방세 체납정리 실무(삼일인포마인, 2015 2017) 사회복지법인의 세무와회계실무(세연T&A, 2013)

[저작권자ⓒ 조세플러스. 무단전재-재배포 금지]