장특공제 개편 시, 일시적 비거주 1주택자 양도세 최대 2.5배 증가?

국민의힘 이종욱 의원 의뢰로 국회예산정책처가 시나리오별 분석한 결과
‘10년 보유·5년 거주’1주택자 경우, ➀보유공제 폐지 시, 양도세 6,120만원 증가
➁보유공제 폐지+거주공제 2배 상향 시에도, 3,040만원 증가
장특공제 개편 시, 5년 보유·3년 거주보다 10년 보유·5년 거주 1주택자 세부담 더 늘고, 실거주 안 한 투자자 세부담 변화 없어…
나홍선 기자 | hsna@joseplus.com | 입력 2026-05-12 11:08:27
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▲이종욱 의원
범여권이 추진하는 장기보유특별공제 개편이 현실화될 경우, 직장 이동·교육·질병 치료·부모 봉양 등 사유로 일시적 비거주 상황이 발생한 1세대 1주택자의 양도세 부담이 크게 늘어날 것이라는 분석 결과가 제시됐다. 특히 보유공제를 폐지하고 거주공제율을 상향하는 방식으로 제도를 개편하더라도, 일시적 비거주 1주택자의 양도세 부담 증가는 피할 수 없는 것으로 나타났다. 

 

국민의힘 이종욱 의원실이 국회예산정책처에 의뢰해 제출받은 주택 양도가액 12억원 초과 시나리오별 산출세액 변화에 따르면, 양도가액 12억원 초과 주택을 10년 보유하고 5년 거주한 1세대 1주택자의 경우 보유공제 폐지 시 양도세 부담이 최대 6,120만원 증가해 현행 대비 최대 2.5배까지 늘어나는 것으로 확인됐다. 또 보유공제를 폐지하고 거주공제율을 2배로 상향(최대 80%)하더라도 세부담은 3,040만원 증가하는 것으로 나타났다.

 

결국 보유공제를 줄이고 거주공제를 높이는 방식으로 제도를 개편하더라도, 비거주 기간이 발생한 경우에는 공제율이 낮아지면서 세부담이 커진다는 분석이다.

 

특히 장특공제 개편 시, 주택을 오래 보유한 일시적 비거주 1주택자가 더 많은 세부담을 안게 되어 불리한 것으로도 나타났다.

 

보유공제 폐지 시, 5년 보유·3년 거주한 1주택자는 양도세 부담이 3,144만원 늘어나지만, 10년 보유·5년 거주한 1주택자는 6,120만원 증가하는 것으로 나타났다. 보유공제를 폐지하고 거주공제율을 2배로 상향하는 경우에는, 각각 1,224만원과 3,040만원 증가하는 것으로 나타났다.

 

다만, 실거주 기간이 전혀 없는 단순 보유자의 경우에는 장특공제를 개편하더라도 세부담 변화가 없는 것으로 나타났다. 이는 정부가 2021년부터 1세대 1주택 장기보유특별공제를 보유기간과 거주기간으로 분리해, 단순 보유자보다 실거주자에게 더 높은 공제율을 적용하는 방식으로 이미 실거주 중심개편을 시행했기 때문이라는 것.

 

이번 국회예산정책처 자료는 장기보유특별공제 개편 시 전체 세수 추계가 어려운 점을 감안해, 양도세 과세 기준인 양도가액 12억원을 기준으로 1세대 1주택자의 양도소득세 산출세액이 시나리오별로 얼마나 변화하는지를 분석한 것이다.

 

이종욱 의원은 장특공제 개편 시, 실거주 기간이 전혀 없는 단순 보유자의 추가 세부담은 없는 반면, 실제 거주를 유지하려 노력했지만 부득이한 사유로 비거주 기간이 발생한 1세대 1주택자들은 더 큰 부담이 발생할 수 있다고 지적했다.

 

이어정부는 부모 부양이나 직장 문제 등을 입증해 비거주 여부를 판단하겠다고 하지만, 국민 개개인의 삶의 사정을 과세 기준으로 삼아 일일이 입증하도록 하는 것이 과연 현실적으로 가능하겠느냐결국 납세자에게 과도한 입증 책임을 떠넘기고, 행정 혼선과 세금 불안만 키우는 결과로 이어질 가능성이 크다고 밝혔다. 

 

보유기간

거주기간

양도가액

(억원)

양도차익(억원)

장기보유특별공제율

산출세액(만원)3)

전체

과세대상1)

현행

시나리오1

시나리오2

시나리오3

현행

시나리오1

시나리오2

시나리오3

1주택 우대공제율 폐지2)

보유공제율 삭제

거주공제율 2

1주택 우대공제율 폐지2)

보유공제율 삭제

거주공제율 2

5

비거주

조정

20.0

10.0

10.04)

10%

10%

10%

10%

34,206

34,206

34,206

34,206

조정

4.0

10%

10%

10%

10%

11,806

11,806

11,806

11,806

3

4.0

32%

10%

12%

24%

8,342

11,806

11,486

9,566

5

4.0

40%

10%

20%

40%

7,126

11,806

10,206

7,126

10

비거주

조정

20.0

10.0

10.04)

20%

20%

20%

20%

30,006

30,006

30,006

30,006

조정

4.0

20%

20%

20%

20%

10,206

10,206

10,206

10,206

3

4.0

52%

20%

12%

24%

5,302

10,206

11,486

9,566

5

4.0

60%

20%

20%

40%

4,086

10,206

10,206

7,126

10

4.0

80%

20%

40%

80%

1,344

10,206

7,126

1,344

 

: 1) 1세대 1주택으로서 고가주택(그 부수토지 포함)에 해당하는 경우에는 전체 양도차익 중 12억원을 초과하는 부분에 상당한 양도차익에 대하여만 과세함

2) 1세대 1주택에 대한 우대공제율이 폐지되더라도, 일반적인 장기보유특별공제는 적용될 것으로 가정함

3) 양도소득세 계산 시, 기본공제(연간 250만원)은 고려하지 않음

4) 17.8.3. 이후 취득 당시 조정대상지역 내 주택은 거주기간 2년 미만 시 1세대 1주택 비과세를 적용하지 않으므로, 실거주기간이 없는 경우 양도차익 전체가 과세대상이라고 가정

자료: 국회예산정책처 작성

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