[세법시행령 개정안] 미래전략산업 지원 강화 및 기업경쟁력 제고

편집국 | news@joseplus.com | 입력 2026-01-16 22:50:31
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미래첨단산업 지원

□ R&D 세액공제 국가전략기술 및 신성장ㆍ원천기술* 범위 확대 (조특령)
* 연구개발공제율(%) : (일반) 2~25 (신성장원천기술) 20~40 (국가전략기술) 30~50
※ 「2026년 경제성장전략」(‘26.1.9.)에서 발표

➊ (국가전략기술) 초혁신경제 선도프로젝트 등 미래 첨단산업을 지원하기 위해 반도체 분야 등 세부기술 신설ㆍ확대*
* (현행) 8개 분야 78개 기술 → (개정안) 8개 분야 81개 기술 

분야

세부기술

반도체

(신설)차세대 MCM(Multi-Chip Module) 관련 신소재·부품 개발 기술

(확대)에너지효율향상 반도체 설계·제조 패키징 기술까지 확대
(초혁신경제 선도프로젝트, 차세대전력 반도체)

미래형

운송·이동

(신설)환경친화적 첨단 선박의 운송·추진 기술
(초혁신경제 선도프로젝트, LNG 화물창)

(신설)환경친화적 첨단 선박의 디지털 설계·생산운영 기술

수소

(확대)탄소포집 청정수소 생산 청록수소 기술 포함

 

➋ (신성장ㆍ원천기술) 철강ㆍ석유화학 등 주력산업을 지원하기 위해 탄소중립 분야 등 세부기술 신설ㆍ확대*
* (현행) 14개 분야 273개 기술 → (개정안) 14개 분야 284개 기술  

분야

주요 세부기술

탄소중립(4)

고로 용선 및 전기로 용강 합탕기술, 친환경 냉매 개발 기술 등

첨단소부장(4)

고규소 함량 저철손 전기강판 제조기술(초혁신경제 선도프로젝트, 특수탄소강),
기능화 그래핀 기반 차세대 전자소자·에너지시스템용 복합소재 제조·공정기술
(초혁신경제 선도프로젝트, 그래핀)

바이오·헬스(1)

동물용의약품 후보물질 생산기술

에너지·환경(1)

이차전지 제조 공정 염폐수 재활용 기술

융복합 소재(1)

고융점 금속 기반 4N급 염화물 또는 불화물 전환 기술

 

□ R&D비용 세액공제가 적용되는 비용의 범위 확대 (조특령)
※ 「2026년 경제성장전략」(‘26.1.9.)에서 발표

ㅇ 인공지능 분야 연구개발 지원을 위해 ’인공지능 학습용데이터 구매비’에 대해 R&D 비용 세액공제 적용

□ 국가전략기술 등 연구개발시설 세액공제* 적용방법 개선 (조특령)
* 투자세액공제율(%) : (일반) 1~10 (신성장원천기술) 3~12 (국가전략기술) 15~30

ㅇ 국가전략기술·신성장 등 연구개발시설이 사업화를 위해 한시 활용되더라도 국가전략기술·신성장 등 연구개발시설 공제율 적용*
* 투자완료일부터 다음 3개 과세연도 종료일까지 국가전략기술 등 연구 관련 사용시간이 50% 미달 시 공제세액 및 이자상당액 추징

 

기업과세제도 합리화

□ 통합고용세액공제 최소고용증가인원수 규정 (조특령)
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표

 

<법률(조특법§298) 개정내용>

 

 

 

중견·대기업최소고용증가인원수를 초과한 고용 증가분에 대해서만 통합고용세액공제 적용

최소고용증가인원수의 구체적 기준을 시행령위임

 

ㅇ 고용증대 유인 강화를 위해 중견기업은 5명, 대기업은 10명을 초과하는 고용 증가분에 대해서만 세액공제 적용


□ 통합고용세액공제* 청년 판단기준 완화 (조특령)
* 청년(15~34세), 장애인, 60세 이상 등에 대해서는 우대공제액(+200~700만원) 적용
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표


ㅇ 근로계약 체결 당시 34세 이하인 자가 연령 증가에 따라 34세를 초과하더라도 근로계약 체결일로부터 4년간(대기업은 3년) 청년으로 간주

 

□ 내국법인의 외국자회사 주식 등 현물출자 과세특례 구체화 (조특령)

 

<법률(조특법§384) 개정내용>

 

 

 

내국법인이 외국자회사 주식 등을 다른 외국법인에 현물출자하는 경우
현물출자로 발생한 양도차익 4년 거치 3년 분할익금 산입

 

ㅇ 주식 등을 처분한 경우 익금에 산입하는 금액의 계산방법 과세이연이 종료되는 주식 처분비율 등은 시행령에 위임

 

ㅇ (과세이연 종료) ➊피출자법인이 외국자회사 주식을 50% 이상 처분하거나, ➋내국법인이 피출자법인의 주식을 50% 미만으로 보유하는 경우
· 주식처분비율이 50% 미만인 경우 현물출자로 발생한 양도차익 중 익금에 산입하지 않은 금액에 대해 해당 사업연도에 처분한 주식 비율만큼 익금 산입

 

□ 채무보증에 따른 구상채권 대손금* 손금인정 범위 확대 (법인령)
* 「공정거래법」에 따른 채무보증, 금융회사 등이 행한 채무보증 및 해외자원개발사업 관련 해외현지법인에 행한 채무보증 등에 대해 구상채권 대손 발생 시 손금 인정

ㅇ 내국법인이 「국가자원안보특별법」에 따른 핵심자원 관련* 해외현지법인에 행한 채무보증에 대해 구상채권 대손금 손금 인정
* 핵심자원 및 그 핵심자원의 소재ㆍ부품 생산과 관련된 채무보증

 

2. 자본시장 활성화 및 벤처투자 세제지원 강화

□ 고배당기업 배당소득 분리과세 특례 대상 및 절차 마련 (조특령)
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표 

 

<법률(조특법§10427) 개정내용>

 

 

 

고배당기업* 배당소득에 대해 종합소득 과세표준에서 제외하고 분리과세** 적용

 

* 배당성향 40% 이상 or 배당성향 25% 이상이고 이익배당금액이 10% 이상 증가

** 세율 : (~2천만원) 14% (2천만원~3억원) 20% (3억원~50억원) 25% (50억원~) 30%

 

배당소득의 범위, 고배당기업 요건, 배당성향 산정방법 등 시행령에 위임

 

ㅇ (배당소득 범위) 현금배당액(중간ㆍ분기ㆍ특별ㆍ결산배당 모두 포함)

ㅇ (적용대상) 펀드, 리츠 등 유동화전문회사*는 제외하되, 당기순이익 ‘0’ 이하인 적자배당 기업은 제한적**으로 허용
* 「법인세법」 제51조의2에 따른 소득공제가 적용되어 법인세가 과세되지 않는 법인
** 전년대비 배당이 10% 이상 증가하고, 자본총액 대비 부채비율이 200% 이하인 기업

ㅇ (배당성향) 연결재무재표 기준 배당성향*으로 산정
* 현금 배당총액 ÷ 지배기업 소유주지분 당기순이익
※ 연결재무제표 미작성 시 별도재무제표 기준 배당성향으로 계산

□ 투자ㆍ상생협력 촉진세제* 개편 (조특령)
* 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인의 미환류소득(기업 소득 중 투자, 임금증가, 상생협력 지출액으로 사용하지 않은 소득)에 대해 20% 추가과세
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표

 

<법률(조특법§10032) 개정내용>

 

 

 

투자ㆍ상생협력 촉진세제 환류대상에 배당을 추가하고 환류범위 확대*

 

* (투자포함형) 60~80%65~85% (투자제외형) 10~20%20~40%

 

환류대상 배당의 범위 기업소득 중 환류비율시행령에 위임

 

ㅇ (환류대상) 해당 사업연도 중 지급한 중간ㆍ분기ㆍ특별ㆍ결산배당*
* 현금배당으로 한정하되, 자본준비금ㆍ이익준비금 감액배당은 제외

ㅇ (환류비율) 기업소득의 80%투자포함형 또는 30%투자제외형
* (종전) 투자포함형은 기업소득의 70%, 투자제외형은 기업소득의 15%

ㅇ (기업소득 계산) 수입배당금 익금불산입액 및 법령상 의무 적립금 환입액 포함
· 외국자회사 수입배당금은 ’27년 배당분부터 기업소득 계산 시 포함

 

□ 대학의 수익용 자산 대체취득에 대한 세제지원* 확대 (조특령)
* 대학이 수익용 기본재산을 대체취득하는 경우 기존 자산 양도차익 중 대체취득분에 대해 법인세 과세이연(3년 거치 3년 분할 익금 산입) 적용
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표

 

<법률(조특법§10416) 개정내용>

 

 

 

대학의 수익용 기본재산 대체취득 과세이연 대상유가증권* 추가

* 유가증권은 대체취득 자산 처분시까지 과세이

 

유가증권 범위, 구체적인 과세이연 방식은 시행령에 위임

 

ㅇ (유가증권 범위) 국·공채, 상장법인 주식, 국내투자형 펀드*
* 국내 자산에 주로 투자하는 등 재정경제부령으로 정하는 펀드

ㅇ (과세이연 방식) 대체취득한 자산 양도 후 새로운 자산을 다시 대체취득하는 경우도 과세이연 적용(최종 처분 시 과세)

□ 코스닥벤처펀드 소득공제* 대상 투자액 한도 확대 (조특령)
* 벤처기업투자신탁(코스닥벤처펀드) 수익증권을 투자일부터 3년간 보유 시 투자한 금액의 10% 소득공제 적용(투자연도부터 3개 과세연도 중 공제적용 연도 선택)
※ 「2026년 경제성장전략」(‘26.1.9.)에서 발표

ㅇ 소득공제(투자금액의 10%) 적용 대상 투자액 한도를 1인당 누적 3천만원에서 연간 2천만원으로 확대

 

3. 지역성장 지원

 

기업의 지방이전 유인 제고

□ 위기지역 창업기업 세액감면* 요건 규정 (조특령)
* 위기지역(고용재난지역, 고용위기지역 및 산업위기대응특별지역) 창업기업에 대해 소득ㆍ법인세를 5년간 100% + 2년간 50% 감면 

 

 

<법률(조특법§999) 개정내용>

 

 

 

위기지역 내 실질적 투자ㆍ고용창출하는 기업을 지원하기 위해 투자ㆍ고용과 연계된 감면요건 신설

 

ㅇ 구체적인 투자금액 고용인원 요건은 시행령에 위임

 

ㅇ 해당지역 내 투자금액이 5억원 이상이고, 상시근로자를 10명 이상 고용하는 경우 세액감면 적용

 

□ 연구개발 우수인력 범위 규정 (조특령)

 

<법률(조특법§122) 개정내용>

 

 

 

연구개발 우수인력 채용에 따른 연구개발특구 입주기업 세액감면* 한도 확대**

 

* 연구개발특구법에 따른 첨단기술기업 및 연구소기업 중 생명공학산업 및 첨단기술산업 등 업종에 대해 소득·법인세를 3년간 100%, 2년간 50% 감면

 

** 투자누계액의 50% + 상시근로자 수×1,500만원(청년ㆍ서비스업ㆍ우수인력 2,000만원)

 

ㅇ 연구개발 우수인력의 범위는 시행령에 위임

 

ㅇ (우수인력 범위) ➊자연ㆍ이공ㆍ의학계 분야 박사학위 소지자로서 ➋연구개발특구 입주기업에서 연구원으로 근무하는 사람

□ 본사 지방이전 시 세액감면 제도* 실효성 제고 (조특령)
* 수도권 과밀억제권역내에서 3년 이상 사업을 영위한 법인이 수도권 과밀억제 권역 내에서 수도권 외로 본사 이전 시 최대 15년간 법인세 감면

ㅇ 본사를 이전한 법인의 감면세액 추징 기준*이 되는 수도권 사무소의 본사업무 인원 비율 축소(50%→40%)
* 수도권 밖으로 본사 이전 후, 일정 규모 미만의 수도권 사무소 운영을 허용하되, 본사업무에 종사하는 상시 근무인원이 일정비율 이상인 경우 감면세액 추징
 

□ 해외진출기업의 국내복귀 세제지원* 확대 (조특령)
* 해외진출기업이 완전복귀하거나 부분복귀하는 경우 소득ㆍ법인세는 7년간 100% + 3년간 50% 감면하고, 관세는 5년간 완전복귀시 100%, 부분복귀시 50% 감면

ㅇ 국내사업장 신ㆍ증설 후 4년 이내에 국외사업장 축소를 완료하는 경우에도 유턴기업 부분복귀 감면대상*으로 인정
* (현행) ➊국내사업장이 없는 내국인이 신규창업하는 경우, ➋국외사업장 축소 완료 후 3년 이내 국내사업장 신ㆍ증설하는 경우만 부분복귀로 인정

ㅇ 국내사업장 신ㆍ증설 후 4년 이내에 국외사업장 축소를 완료하지 않은 경우에는 감면세액 전액 추징

 

지방 부동산 경기 활성화

□ 인구감소지역ㆍ인구감소관심지역 주택 취득 지원(조특령ㆍ소득령ㆍ종부령)
※ 「2026년 경제성장전략」(‘26.1.9.)에서 발표

 

<법률(조특법§712) 개정내용>

 

 

 

인구감소지역 주택 취득자에 대한 양도소득세ㆍ종합부동산세 특례 대상 지역에 비수도권 인구감소관심지역추가

 

ㅇ 특례 대상주택의 소재지, 주택가액 등은 시행령에 위임

 

ㅇ 1세대 1주택자 세컨드홈 특례*가 적용되는 비수도권 인구감소 관심지역 주택의 가액기준을 기준시가 4억원 이하로 규정
* 1주택자가 인구감소지역 주택 등 취득시 기존 보유주택에 1세대 1주택 특례 적용
↳ (양도세) 12억원 이하 주택 비과세, 12억원 초과시 장특공제 우대
  (종부세) 기본공제 우대(9→12억원), 고령자ㆍ장기보유 세액공제 적용

ㅇ 다주택자가 인구감소지역(비수도권 인구감소관심지역 포함) 주택*을 취득(’26.1.1.~)할 경우, 양도세ㆍ종부세 부과 시 주택 수에서 제외
* 비수도권 인구감소지역 소재 주택은 9억원 이하, 그 외 지역 소재 주택은 4억원 이하
 

□ 비수도권 준공후 미분양 주택 해소 지원(소득령ㆍ법인령ㆍ종부령)
※ 「2026년 경제성장전략」(‘26.1.9.)에서 발표

ㅇ 비수도권 준공후 미분양 주택을 취득하는 1주택자에 양도세ㆍ종부세 특례*가 적용되는 미분양 주택의 가액기준 상향(6→7억원)
* 1주택자가 준공후미분양 주택 추가 취득시 기존 주택에 1세대 1주택 특례 적용
 ↳ (양도세) 12억원 이하 주택 비과세, 12억원 초과시 장특공제 우대
   (종부세) 기본공제 우대(9→12억원), 고령자ㆍ장기보유 세액공제 적용

ㅇ CR리츠가 매입하는 비수도권 준공후 미분양 주택에 대해 법인 양도소득 추가과세* 배제 및 종부세 합산배제(5년간) 지원기간 연장**
* 법인이 비사업용토지, 주택 등 양도소득의 10~20%의 세율로 법인세 추가 과세
** (현행) ’25.12.31까지 취득 분 → (개정안) ‘26.12.31까지 취득 분

□ 프로젝트 리츠에 대한 현물출자 과세특례 구체화 (조특령)
※ 「2025년 세제개편안」(‘25.7.31.)에서 발표 

 

<법률(조특법§979) 개정내용>

 

 

 

내국인이 프로젝트 리츠토지ㆍ건물 현물출자양도소득세 납부이연 법인세 과세이연 신설

 

이연세액 납부방법, 사후관리 요건 위반 시 이자상당 가산액 계산방법 및 그 밖에 필요한 사항은 시행령에 위임

 

ㅇ (과세이연 종료) 현물출자로 취득한 주식을 50% 이상 처분하거나 리츠 해산 시 등에는 이연된 세액 전부 납부(법인은 익금산입)
· 주식처분비율이 50% 미만인 경우 주식처분비율만큼 세액 납부

ㅇ (이자상당가산액) 과세이연금액 × 납부·과세이연 일수 × 0.022%

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